Parece que o problema está relacionado às listas de pacotes do sistema que estão corrompidas. Você pode tentar resolver esse problema removendo as listas de pacotes existentes e, em seguida, atualizando novamente.
Tente executar esses comandos para remover as listas de pacotes existentes::
sudo apt clean
sudo rm -rf /var/lib/apt/lists/*
sudo mkdir -p /var/lib/apt/lists/partial
Depois tente atualizar a lista de pacotes novamente:
sudo apt update
Após isso você pode tentar executar sudo apt upgrade para aplicar as atualizações disponíveis.