Geralmente você consegue alterar temos gtk mudando os arquivos de css deles, tem um tópico aqui no fórum que aborda isso, você pode dar uma olhada: [Resolvido] Transparência no painel do Cinnamon - #3 by Dio
É importante observar o tipo do tema, o Deepin, como você citou, o gerenciador de arquivos por exemplo é escrito em Qt, por isso temas GTK não tem efeito sobre ele geralmente e o processo de customização nesse caso é diferente.