Nesse caso dos games o compositor do ambiente pode influenciar um pouco, eu fiz um teste com o Team Fortress 2 (jogo nativo em OpenGL da Valve feito na Source Engine), testei com o compositor do XFCE e o compton no jogo em fullscreen, toda vez que eu jogava com o compositor desativado eu ganhava cerca de 20 frames por segundo (FPS) do que com ele ativado, nos games no Wine+DXVK isso deve ocorrer menos, porém o Lutris já tem a opção de desativar os efeitos gráficos (compositor) quando o jogo é desativado.
Falando sobre os shaders, sempre vai haver stutterings (pequenos travamentos) quando eles são compilados, os shaders assim como os programas de computador eles são feitos com uma linguagem de programação, só que específica para eles como o GLSL da Khronos Group ou HLSL do DirectX da Microsoft e são compilados, porém eles são compilados enquanto um programa que usa uma api gráfica (exemplo: jogos) está sendo executado, e durante essa compilação é utilizado a GPU para isso, por isso pode ocorrer os stutterings, isso ocorre muito principalmente nos emuladores (no emulador de Wii U que testei (Cemu) isso ocorre com muita frequência), uma forma de contornar isso é baixar os shaders do jogo da internet que foram compilados em computadores de outros usuários ou da propria empresa que criou e/ou distribui eles, isso ocorre no script do Overwatch no Lutris, que baixa um .zip de cache do GitHub, e também com os games na Steam na opção “Shader Pre-Caching” nas configurações da loja.
Falando especifcamente sobre a dúvida que o tópico carrega, na minha opinião em performance de vídeo não há nenhuma diferença, ou a diferença é quase nula, o que causa alguma diferença na desempenho gráfico é o ambiente gráfico (ou as vezes nem isso e sim o compositor como eu falei anteriormente).