Olá @lmz0, tudo bem contigo?
Os programas em snap e flatpak são executados em uma área isolada do sistema (sandbox) e por isso, geralmente precisam de algum trabalho manual para pegarem as configurações corretas.
Existe mais de uma forma de conseguir esse resultado, você pode seguir uma destas dicas para ajustar o visual dos seus programas em flatpak:
