Assim como em muitos arquivos de configuração do Linux, linhas que começam com # são consideradas comentários e ignoradas pelo programa que lê. Daí o motivo dela não afetar a atualização do sistema.
Traduzindo a mensagem:
Este sistema foi instalado usando uma pequena mídia removível (por exemplo, netinst, live ou CD único). As entradas “deb cdrom” correspondente foram desativados no final do processo de instalação. Para informações sobre como configurar fontes de pacotes apt, veja o manual sources.list(5).
(Durante o o processo de instalação, a linha que começa com deb cdrom não tem #, permitindo que os pacotes venham do disco de instalação caso a conexão à internet seja limitada).