Depende do programa para fornecer a funcionalidade de tray (bar) e uma maneira de iniciar somente reservando o ícone.
O Telegram faz isso se você passar o argumento -startintray para ele. Logo, se você o tiver instalado a partir do repositório da distribuição, é uma questão de colocar na sua configuração do i3 a seguinte linha.
exec telegram-desktop -startintray