Moçada, seguinte:
Eu sou bem “chato” no uso do Linux, especificamente o Ubuntu. Uso a 22.04 LTS, removi e bloqueei todos os snaps, só to usando pacotes .deb. Porém vejo mais o flatpack na mídia, como se houvesse uma preferência velada por ele, digamos assim, mas nunca usei. Quem usa, saberia dizer se realmente é vantajoso? ele ocupa muito espaço no HD? Ainda não tenho uma necessidade de usá-los, mas vejo alguns jogos e apps que me parecem interessantes somente nesse formato(flatpack).
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Eu gosto bastante dos flatpaks, pois eles possibilitam ter a última versão sem problemas. Quanto ao espaço em disco, se você tiver alguns flatpaks não faz tanta diferença, porque no final eles vão usar as mesmas runtimes. Outro ponto interessante é o sandbox, uso o Flatseal e reviso todas as permissões manualmente, assim posso ter mais controle do que acontece com os apps. Em geral eles são bem eficientes.
EDIT: Se você gostaria de usar os flatpaks recomendo ler/ver sobre as permissões, elas podem ajudar caso você tenha necessidade de um ambiente menos restrito.
EDIT 2: eu tenho 12 apps e eles estão gastando 4,462 GB, eu diria que não é muita coisa kk
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Olá 
Faço o comentário do @marshallishere as minhas palavras. E uma dica: você pode instalar os Flatpaks na /home se quiser, basta usar o parâmentro --user quando instalar um pacote ou no momento que adicionar algum repositório, daí servirá para todos.
Fui olhar só de sacanagem e eu também tenho 12 apps fora as runtimes, e estão gastando 16,6 GB 
e ainda tem a .var com 2.6 GB. Mas tá de boa pois não me preocupo com armazenamento.
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Esqueci de falar do --user, mas é o que eu uso sempre também. Alguns apps realmente pesam, eu uso apps majoritariamente GTK ou não-GUI, então minhas runtimes são só a do último Gnome e Freedesktop. Talvez se adicionasse algum app QT pesasse mais.
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Bom, vou dar o relato da minha experiência recente com o flatpak.
Tecnologia muito funcional e eficiente no que se propõe, mas com um repositório muito pobre. Se você quiser usar programas como discord que atualizam com muita frequência e exigem que esteja atualizado para utilizar, terá dor de cabeça já que existe um tempo entre a atulização do programa pela desenvolvedora e pelo pessoal que mantém o pacote no flathub.
Se você procura programas não tão conhecidos, dificilmente encontrará no repositório e, caso o programa necessite acessar recursos do computador, terá que configurar para que ele tenha esse acesso fora do sandbox (creio que não seja problema para você configurar isso, visto que já fez mudanças grandes como remover o snap do ubuntu, mas citei pois é algo a se atentar).
Fora estes pontos, caso você não precise ou não faça questão de ter atualizações no “dia zero”, não ligue de, eventualmente, ter que configurar alguma coisinha manualmente e não ligar de gasto de espaço em disco (não vejo isso como problema porque essa “desvantagem” vem aliada à gigantesca vantagem de desvincular as dependências do programa das dependências instaladas no sistema), se encontrar o programa que deseja neste formato, será só vantagens.
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Os fóruns, blogs e criadores de conteúdo falam muito no Flatpak, mas eles representam a parte do mundo Linux que é composta por entusiastas.
Snap tem sido bastante utilizado, considerando que o Ubuntu é usado bastante de forma profissional. Enquanto o Flatpak oferece basicamente aplicativos para desktop, Snap oferece desde aplicativos para desktop, IoT e servidores. Eu, por exemplo, estou usando drivers Hplip em Snap, pois não consegui instalar os drivers disponíveis através do site oficial.
Enquanto o Flathub é um repositório comunitário, havendo poucos desenvolvedores que lançam seus softwares por lá, a Snapcraft tem mais desenvolvedores dispostos a lançar seus programas nele.
Em resumo, Snaps oferecem mais possibilidades do que somente aplicativos desktops, é uma solução para servidores e IoT e por isso tem sido abraçado pela indústria de software.
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Usa o que vc quiser, ate mesmo AppImage, só evita de usar os gerenciadores de baixo nível porque as dependência é um saco resolver quando é fora dos repositórios.
Acho que na prática tanto faz, qualquer um vai ser ok.
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