Eu já vi o “notificador” indicar atualizações, e quando fui aplicar, já tinham sido feitas ─ todas, ou só algumas. ─ Isso depende, se eram todas “de segurança”, ou se só algumas eram “de segurança”.
Também já vi casos em que a pessoa tenta usar o apt, ou o Synaptic, ou o Plasma Discover… e ele diz que não pode usar a base de dados de pacotes, porque está bloqueada por “outro processo”.
(Aí, a pessoa pergunta num fórum, e recebe mil sugestões… deleta isso, deleta aquilo… arromba o cadeado… explode não-sei-o-quê, que “resolve”…)
O motivo é simples: ─ Existem diferentes aplicativos programados (nem sempre com “lógica” consistente) para fazer coisas diferentes, usando a mesma base de dados de pacotes:
- Verificar se há atualizações
- Avisar quando há atualizações
- Aplicar algumas atualizações em silêncio
- Aplicar atualizações quando você clica
No Debian, a verificação (1) começa ainda durante o Boot, antes mesmo de chegar ao Login e carregar a interface KDE, Xfce etc.
No Mint, a verificação só começa uns 5 ou 10 minutos após carregar a interface Cinnamon, Xfce etc. ─ e essa configuração pode ser editada no mintUpdate (que usa o Synaptic, que usa o apt…).
No Kubuntu, a configuração é aí, no Plasma Discover / módulo de “fontes de software”.
No Mageia (base .rpm), a configuração é no mgaapplet.
No openSUSE…
… enfim, uma salada de aplicativos que disputam a bola no meio-de-campo, dentro do velho lema do Mac, de que “você não quer saber o que acontece, nem como; você só quer que funcione”. Só que em distros Linux muito “amigáveis”, às vezes, dá tilt, ou fica uma pulga atrás da orelha.
Por alto (não sou expert), sei que:
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O PackageKit não passa de uma interface “agnóstica” (independente do tipo de distro), encarregada de usar o apt, ou o zypper, ou o urpmi, ou…, para verificar se existem atualizações. ─ Ele evita que o usuário precise agendar essa tarefa no cron, e outros bichos esquisitos.
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Ao clicar no aviso, o PackageKit abre outro aplicativo, que varia de uma distro para outra ─ pode ser o Plasma Discover, ou outra “lojinha” qualquer ─ que por sua vez vai usar o apt, ou o zypper, ou o urpmi, ou…
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Enquanto isso, o unattended-upgrades resolve ir logo aplicando as atualizações de segurança (até hoje, só vi em distros Debian / buntus).
Para destrinchar quem fez o quê, você pode examinar os logs em /var/log/
Quando se diz que o Arch é “enxuto”, ─ neste caso, por exemplo, ─ significa que não existe esse monte de aplicativos fazendo a festa e esbarrando uns nos outros. Você instala o Arch, e depois de 2 semanas percebe que ninguém te cutucou com avisos aterrorizantes, cobrando “clique aqui, senão teu sistema pode ser invadido por seres perigosíssimos”. Você executa um comando simples (na hora que você quiser), ele verifica se há atualizações, mostra tudo, explica alguma opção, você diz Ok, e ele atualiza tudo.
O mesmo pode ser feito, com comandos +/- parecidos, no Debian, no Mageia, no openSUSE, no Fedora, no Void… e no Kubuntu, claro.
Com o tempo, me acostumei a simplesmente remover unattended-upgrades, PackageKit, Plasma Discover etc.
No Debian, no KDE Neon, no MX Linux, uso o apt para verificar se há atualizações, pois assim já vejo se todos os repositórios estão respondendo bem, se a conexão está boa etc. ─ e caso contrário, fica fácil ver onde está o problema.
Depois aplico as atualizações pelo Synaptic, que no final me dá um histórico bem resumido e claro ─ inclusive, posso pesquisar todas as vezes que determinado pacote foi atualizado (e todas as versões), desde a instalação da distro, até hoje.
No Mint, verifico pelo apt, aplico as atualizações pelo mintUpdate, e o histórico pode ser pesquisado no Synaptic.
No PCLinuxOS, também uso o Synaptic ─ que foi criado por brasileiros da Conectiva (base .rpm), depois incorporada ao Mandrake (Mandriva). ─ É um aplicativo enxuto, porém com capacidades que deixam num chinelo todas as “lojinhas”. ─ E não fica no seu caminho.
Em todas as outras distros, uso apenas os comandos, para verificar e aplicar as atualizações, na hora que quero ─ em geral, pela manhã, ou no final do dia.
Achei horrível, quando o Kubuntu inventou esse negócio de “notificação” ─ que roda várias vezes ao dia ─ e fica assediando para você largar tudo que está fazendo e atualizar “o quanto antes”, como se fosse tirar o pai da forca.
No Windows é lixo… no Linux uma boa ideia. 
