Pessoal, o meu panel do gnome está com as bordas arredondadas para baixo e ele também está com transparência dinâmica, sendo que eu desinstalei a extensão. Resetei as configurações do gnome tweaks e reiniciei o meu computador mas o panel continua do mesmo jeito.
Ainda não entendi o que pode ter causado isso, mas se alguém souber uma maneira de resetar as configurações do gnome panel eu agradeceria.
O comando dconf reset -f /org/gnome/ reseta completamente o GNOME (ênfase no completamente). Use com cautela, porque sua personalização vai ser zerada.
Esse comando é apenas de configuração ou ele modifica pacotes também?
Apenas configuração. Ele não irá afetar os programas e pacotes instalados.
Só configuração
Ele resetou as configs mas o panel continua igual 
Não é nenhuma extensão ou mesmo wallpaper não?
Com nenhuma extensão ativa o panel continua do mesmo jeito.
Você experimentou reiniciar após o reset? Vai que…
Verifique se algum tema não deixou sujeira em .local/share/themes ou .themes.
Verifique dentro da pasta de qualquer tema, se existir um diretório gnome-shell remova, não era pra acontecer isso.
Mesmo depois de reiniciar ele continua do mesmo jeito.
Fiz todos os procedimentos, inclusive, instalei uma atualização pendente do Debian, mas no final continua a mesma coisa.
Bem estranho isso, teoricamente desativando a extensão que adiciona transparẽncia no painel era para voltar tudo ao normal, como você instalou essa entensão?
poste a saida do comando.
gnome-extensions list --enabled
Ele me retorna command not found
Distro Ubuntu, versão?
Debian 10 Buster, acho que vou reinstalar o Debian, talvez seja até mais fácil do que tentar ficar solucionando.
Oh descuple, é que no seu perfil está Ubuntu (eu olho essa informação antes de responder), acho que reinstalar por causa disto é besteira, reinstale somente o gnome-shell e remova as extensões que instalou, remover os diretórios .config e .cache, são quase o equivalente a reinstalar 
Isso era uma atualização do gnome, negativa na minha opinião, agora é esperar até isso ficar configurável.
Não meu caro, isso é um problema relativo a sua distro, o painel do gnome-shell “foi” transparente em algumas versões anteriores o “normal agora” é totalmente preto com os cantos arredondados.
Eu estava falando das bordas mesmo, a transparência é do Debian.