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Minha opinião: O Krita por exemplo é pago na Microsoft store, isso é ruim por um lado pois usuários novos vão pensar que é um app pago (proprietário) e talvez não saiba que é gratis no site oficial, poderá gerar indignação se ele compra e depois descobre que tinha opção gratuita.
A melhor solução ao meu ver seria a Microsoft dar uma opção de doar ou até dar opção de pagar o que quiser semelhante ao que o ElementaryOS faz, deixaria claro ao usuário que é um app gratuito e que ele pode ajudar de forma simples se quiser.
Aí ninguém paga
Ser pago trás uma vantagem: o pessoal pensa que é melhor
Pois é, eu acho perfeitamente válido cobrar, nem que seja para pagar a manutenção e o tempo gasto suportando lojas oficiais e automação dos updates e tal, que no caso das distros por exemplo, não é trabalho do Krita, o Krita também é pago na Steam e eu pessoalmente apoio.