Formatos como AppImagem e companhia são perfeitos por não “quebrarem” o sistema, um problema ainda a ser resolvido é a integração com o sistema operacional.
Eu ja fiz com flatpak e snap uma vez, removi tudo que tinha em deb e instalei correspondente em flatpak appimage e snap. A primeira coisa que você percebe é que as coisas demoram mais para abrir e falta integração
No Unity XP, eu incluí uma integração automática pra AppImages, é só baixar o arquivo que ele já aparece automaticamente no menu, sem nenhum passo adicional, e ao remover o arquivo, automaticamente o atalho é removido do menu também, sem tretas.
Meu setup não é 100% flatpak porque algumas aplicações eu utilizo a versão “DEB” que acompanha a distribuição, o tamanho do diretório dos flatpaks: 8Gb