Juntar arquivos mkv

Qual seria um bom aplicativo para juntar vários arquivos MKV em um arquivo só?

Acho que um bom aplicativo para juntar e editar vídeos é o KDENLIVE,adicione video1 e depois video2 no KDENLIVE e logo em seguida arraste para a linha do tempo.Depois é só renderizar.

ffmpeg

ffmpeg -i arquivo.mkv -i arquivo2.mkv -i arquivo3.mkv -c copy arquivofinal.mkv

não tenho certeza se isso funciona

Se for só juntar, instala o Avidemux.

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Esse comando do ffmpeg só funciona com alguns codecs. A melhor opção é realmente usar um editor de vídeos/ferramenta dedicada ao corte, ainda mais se ele não tiver certeza do codec usado no MKV.

Nesse sentido recomendo o Avidemux também.

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MKVToolNix GUI também faz esse trabalho: Dê uma olhada nesse tutorial: [HowTo]: joining multi-part movies files with MKVtoolnix GUI - Tips, Tricks & How-Tos - Plex Forum

Shotcut também aparece como alternativa, ele é mais simples que o Kdenlive, mais leve, menos dependências, etc…