Eu estou em dúvida se há um “melhor” ou se não um mais atualizado do que o outro. Qual devo instalar?
Eu indico a do site… só uso pacotes do AUR quando não tem uma versão oficial, por muito tempo utilizei a do site e sempre funcionava tranquilo.
Não sei se já ajeitaram, mas na época que eu usava, tinha que fazer uma alteração no pacman.conf pois ele adiciona o repositório e na opção de SigLevel tem que deixar a opção Never.
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O do aur até onde eu sei é o mesmo do site
versão do aur é a mesma do site, a diferença é q tem um script de instalação personalizado pelo mantedor dele no AUR
Não só nesse caso, mas de forma geral, a recomendação em qualquer sistema e sempre instalar a versão do desenvolvedor original, caso, por algum motivo não funciona, aí você busca alterantivas 
Se você utilizar o Manjaro estável, tanto a do site quanto a versão da AUR, é comum você ter problemas logo que sai uma atualização do Megasync. Para contornar isso, o blog Manjariando em breve vai disponibilizar em seu repositório a versão correta do programa para o Manjaro, já com as correções quando for necessárias.
Você pode checar as informações de construção dos pacotes no gitlab do blog.
Saudações.
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