Bem, essa creio que seja bem simples.
Seguinte:
Via de regra atualizo meu sistema pelo Terminal utilizando para isso a sintaxe:
jdt@jdt:~$ sudo apt update; sudo apt upgrade -V --autoremove
Mas e se atualizo pelo Gerenciador de Atualizações ? Ele não me mostra qual a sintaxe, apenas faz o procedimento, mas há algo irregular nisso? E se faço hora um e hora o outro?
Basicamente o mesmo, mas sem o autoremove. Claro que, isso depende da distro.
Ah perdão, esqueci de citar a questão da distro: Linux Mint ambiente XFCE.
Tirando o autoremove e autoclean, a mesmíssima coisa que sudo apt update && sudo apt upgrade
Nota: algo que falta no Mintupdate (justamente por ser uma máscara pro Synaptic) é que ele atualize os flatpaks. Isso precisa ser feito via terminal, o que não ajuda iniciantes (a MintInstall tampouco atualiza)
Na verdade o Mint tem um script que faz auto update dos flatpaks toda vez que o Mint Upgrade faz uma verificação pelos Debs, então é automático, isso pode ser desligado nas configurações do app se não me engano, mas não tem como atualizar individualmente via interface, como ocorre com os outros pacotes. 
Olha, não tenho certeza disso… a última vez que peguei o lap de um cliente amigo meu daqui pra fazer a migração do 20.3 pro 21, XFCE, logo após atualizar tudo pelo MintUpdate, fui no terminar rodar flatpak update e tinha uma tonelada de atts…
Mas vou prestar atenção nisso agora, estou com outro lap aqui pra instalar o Mint
Uma coisa que considero fundamental, fantástico, fod@stico etc. no GNU / Linux – em contraste com Windows – é que:
Os repositórios (oficiais) oferecem um conjunto enorme de pacotes “consistentes”, entre si
Em vez de baixar pacotes de vários sites (confiáveis? tsc tsc), o usuário Linux pode baixar (quase) tudo dos repositórios oficiais – sob uma “curadoria” que garante certo nível de consistência (do conjunto) e confiabilidade
Para os pacotes que não preenchem (ainda) todos os requisitos para estarem nos repositórios oficiais, cada distro oferece alguns repositórios “não-oficiais”, ou “não-tão-oficiais” – porém, sujeitos ao escrutínio da comunidade (código aberto e “atenção” geral). – Por exemplo, nas distros “Buntu”, “universe”, “multiverse”, “restricted”.
Embora “não-oficiais”, repositórios como AUR (Arch), packman (openSUSE), Fusion (Fedora) etc. fornecem pacotes razoavelmente “vigiados” pela comunidade.
Em resumo: – Existe certa “solidariedade” no conjunto de pacotes oferecidos dentro de cada distro.
“ain, isso dificulta a vida dos desenvolvedores”
Definitivamente, não! – Nenhum “desenvolvedor” precisa oferecer mil versões de seus pacotes, para mil distros. – “Trazer”, “testar” e “manter” cada pacote (de modo consistente com o conjunto de pacotes) é tarefa de cada equipe, de cada distro.
“ain, isso é trabalho cansativo”
Bom… Se a equipe de uma “distro” não consegue, ou acha “cansativo” trazer e “manter” (conferir a consistência geral) um pacote ou conjunto de pacotes “básico”, “fundamental” – digamos, LibreOffice, Chromium, Firefox etc. – então, conforme-se em utilizar os repositórios de sua “distro-mãe” (Debian, Canonical), que por princípio, supomos que faça isso.
Como? A Canonical se gaba de oferecer meia-dúzia de versões (simultaneamente) – e visa LUCRO com isso – mas, “ain, coitadinha, é muito cansativo manter 6 pacotes Chromium, e pipipi, popopó”…
Só lamento! – “GNU / Linux” nunca foi uma “filosofia” de, “ain, a comunidade deve se render aos interesses das empresas, porque assim vamos ganhar zilhões de novos usuários (que c@g@m e andam para o GNU / Linux)”. – Não posso acreditar nesse tipo de conversa.
Sei que, “fidelidade” aos princípios do GNU / Linux está cada vez mais lá embaixo. – Quanto mais “atraímos usuários”, menos nos interessa “o GNU / Linux”. – Normal, já que consideramos bobagem “escovar bytes”… e pernicioso “escovar filosofia”.
A única coisa que parece “aceitável”, hoje, é o tal do GNU / Linux se prostrar perante o dito “mercado” – coisa que não tem absolutamente nada a ver com um projeto comunitário, orientado (pelo menos, “em princípio”) contra qualquer submissão ao “mercado”.
“ain, nada a ver com o Tópico”
Pelo contrário!
Todo o debate, aqui (ok, digamos, só 90%!) assume que “o mercado” – e não o tal do GNU / Linux – é “a reposta”, para toda e qualquer questão “aceitável”.
Gosto de pensar que, nas minhas distros, prevalece a “coerência”, “consistência” e “solidariedade” do conjunto de pacotes de cada distro.
Uma distro “permite” usar Flatpak, Snap2 etc.? Ótimo (para quem quiser). – Outra distro “oferece”, ou até mesmo, “já vem configurada para” etc.? Maravilha. – Uma outra anuncia, alardeia, e até se gaba de tornar tal coisa “padrão”? Wow! Gosto de “sinceridade”!
Mantenho o Fedora (e cada vez mais), para “vigiar” aquilo que não quero, mas que a qualquer momento pode “se oferecer” em alguma outra distro, de que gosto.
Vou manter também o openSUSE – idem, idem. – Quero vigiar de perto esse tal de “microOS”, seja lá o que for.
É uma das coisas “fundamentais”, que me fazem praticar o “multiboot”. – Por enquanto, acho fantástico o processo de atualização do Arch: – Rapidíssimo, simplíssimo, zero problemas, tudo consistente, solidário etc.
O do Debian testing, não tão bom, mas ainda 100% usável (para mim).
Tenho alguns “probleminhas” com o Void e com o Redcore (Gentoo), mas, nada que os torne “não-usáveis”. – Esta semana, tive de fazer força para sair do Redcore, que vinha usando direto, há várias semanas.
O PCLinuxOS é “peculiar”, mas gosto de sua rejeição às firulas e “novidades”.
O Mageia é “mudo”. Não gosta de papo, conversa, fofoca – mas até isso é um bom motivo para não desgostar dele.
Conclusão: - Haja o que houver, aconteça o que acontecer, sobrevenha o que sobrevier – tão cedo, não vou ficar sem pelo menos 1 distro “realmente GNU / Linux”, com pacotes consistentes, coerentes, solidários entre si.
Gosto, principalmente, do pacman Syyu – sim, uso duplo yy, só para xatiar os chatos do Arch. – Sinto-me feliz com o urpmi do Mageia, com o zypper dup do openSUSE Tumbleweed, com o dnf do Fedora, com o xbps-install -Suv do Void – e assim por diante.
Só depois disso (no Arch), uso o yay -Sua; ou, no Manjaro, o pamac update --force-refresh – para não misturar as coisas na minha cabeça.
Removo o unattended-upgrades das distros “Debian” – e o PackageKit, de todas – para manter minha sanidade, e o mínimo de controle sobre o que acontece. – Nada de “lojinha”, Plasma-Discover etc.
Só no caso específico do Debian, KDE Neon, MX Linux (distros base-Debian) e do PCLinuxOS (APT-RPM), uso o Synaptic em vez de comandos – porque o vetusto Synaptic é a única GUI que faz e mostra exatamente o que o apt faria e mostraria, se fosse GUI.
Por isso, apt é a única ferramenta CLI que não tenho o hábito de usar.