Não sei se entendi, bem a sua pergunta, mas se for sobre as Aplicações em Flatpak, de certa forma “enxergarem”, o diretório de temas do usuário, acredito que não, já que é da natureza, dos Flatpak’s, serem isolados do host…
A solução para isso foi empacotar temas como Flatpaks, pois confiar no host para ter a versão correta para cada flatpak anula os benefícios de portabilidade que ele oferece.
Então, seus flatpaks estão instalados como system, isso quer dizer que a pasta de instalação fica em /var/lib/flatpak/.
Dentro dessa pasta crie outra pasta se já não tiver com o nome de overrides, depois crie um arquivo de texto dentro dela chamado global com o seguinte texto:
[Environment] GTK_THEME=Adwaita-dark
Depois instale esse runtimeorg.gtk.Gtk3theme.Adwaita-dark. Dessa forma o tema GTK dos Flatpaks irão correspoder ao tema Adwaita Dark.