só consigo atualizar meus apps flatpak rodando flatpak update no terminal, é possível colocar isso de forma automática no gerenciador de atualizações?
só recebo atualizações de pacotes do sistema tanto no gerenciador de atualizações, quanto no sudo apt update
Segundo postagem do Blog do Linux Mint nas últimas versões do sistema o suporte à update de Flatpaks diretamente no gerenciador de atualizações foi adicionado, bastando atualizar o Linux Mint para isso ser habilitado.
Se seu sistema estiver atualizado e o problema persistir provavelmente é um bug. Talvez seja interessante averiguar no fórum do Linux Mint se existem relatos deste problema e qual previsão para correção.
Também pode ocorrer de tais recursos citados na postagem oficial ainda não terem chegado para os usuários nos últimos updates, para isso fico devendo feedback e encarecidamente peço aos demais usuários de Linux Mint, aqui do Diolinux Plus, para que deixem seus relatos confirmando se realmente esse recurso chegou ao sistema ou ainda não.