Tem como fazer o gnome-software atualizar o sistema sem reiniciar?
Qualquer atualização no linux que inclui alteração em kernel/drivers vão ser seguidas da sugestão de reiniciar o sistema. Afinal tais modificações só estarão ativas depois do reboot.
Acontece muito do pessoal instalar o Virtualbox por exemplo e se queixar que não conseguiu subir uma VM, pois finalizam a instalação do VB e não reiniciam…
A reinicialização não é obrigatória, mas é necessária.
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Não é apenas atualização de kernel que exigem reinício do sistema, recomendo ler este artigo antes: Restarting and Offline Updates - Fedora Magazine
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No caso do Kernel, experimente o utilitário Kexec - ArchWiki
Ok ok.
Não dá para atualizar os pacotes normais sem reiniciar pela interface gráfica? Fora o kernel…
O Fedora pede reiniciar com qualquer coisa.
E a instalação só começa depois de reiniciar.
Entendo que é “melhor” atualizar para reiniciar, mas isso atrapalha.
Fedora like Windows 
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Esqueci desse ponto, vc usa a Gnome software… no meu caso eu uso o terminal, atualizo com o dnf. Apenas tenho que lembrar que preciso reiniciar em casos de kernel, drivers ou a interface gráfica atualizar, nos demais casos só reinicio quando quero, o dnf instala tudo na mesma hora.
Sim, é possível atualizar sem reiniciar pacotes como firefox?
Como eu disse, se vc usar o DNF para isso sim, mas vamos esperar algum user da gnome software que saiba alguma forma de mudar o comportamento padrão. Se não recomendo vc começar a atualizar o sistema do modo raiz.
Disso eu já sei, essa não foi a pergunta do tópico.
A pergunta foi com o gnome-software.
Ao que parece isso é um comportamento do Gnome-Software ao usar PackageKit como back-end o que eles chamam de atualizações Offline, e talvez poderá ser capaz de desabilitar esse comportamento reconstruindo o PackageKit com a flag --disable-offline-update…
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Ele pede p reiniciar, mas vc não precisa reiniciar naquele momento, bom, pelo menos eu sempre atualizo pelo terminal, e eu nem me dou ao trabalho de reiniciar nao, continuo usando, no fim do dia qndo desligo ele termina de instalar.
Para quem atualiza pelo terminal, você pode saber se precisa ou não reiniciar usando o comando needs-restarting que faz parte do dnf-utils. Alguns detalhes do uso na documentação da RHEL:
Mas fica a questão… quase sempre o Fedora atualiza o kernel… Logo quase sempre você vai precisar reiniciar acredito. 
Eu tenho me acostumado a pedir para fazer o download em algum momento, eu desligar em algum momento, geralmente no fim do dia, e aplicar tudo no dia seguinte:
dnf offline-upgrade download
DNF_SYSTEM_UPGRADE_NO_REBOOT=1 dnf offline-upgrade reboot
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Interessante. Existe algum comando equivalente para quem usa o pacman?
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Infelizmente eu tenho quase zero experiência com o pacman, talvez alguém aqui possa te dizer, ou talvez se você abrir uma nova discussão com essa dúvida. 
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