É como o @Capezotte explicou, é prudente desde que você preste atenção nos pacotes que serão removidos através da saída de terminal.
Acredito que por volta de 2016/2017, eu usava alguma distribuição com GNOME, não lembro se era Debian ou Ubuntu, mas enfim… naquele tempo, alguns aplicativos como Firefox e Evolution eram amarrados ao GNOME, eu estava migrando para o Google Chrome, e decidi remover o Firefox com o seguinte comando:
sudo apt purge firefox && sudo apt autoremove
Eu vi na saída de terminal que, não apenas o Firefox, mas centenas de pacotes seriam removidos, inclusive o Gnome-Shell que é o ambiente desktop. Como eu era teimoso e não entendia direito, decidi autorizar a execução do autoremove, pois eu não imaginava como iria reverter aquilo… resultado: Tela Preta.
Provavelmente poderia reverter aquilo através do TTY, reinstalando tanto o Gnome-Shell quanto o Firefox, mas pela falta de conhecimento acabei reinstalando a distribuição.
O conselho é evitar ficar instalando e reinstalando coisas sem necessidade, instale aquilo que for usar e remova o que não for usar (com cuidado e atenção na saída do autoremove).
autoremove não faz milagres, ele apenas remove pacotes orfãos, pois as tranqueiras mesmo que fazem diferença estão todas ocultas no seu diretório pessoal (/home/$USER), que são os arquivos de configurações de softwares removidos, alguns continuam lá e só podem ser removidos manualmente pelo usuário.
Não se preocupe muito com estas coisas, arquivos de configurações são pequenos, acredito que seja bem difícil acumular 1 GB com isso, mas claro, isso depende de cada pessoa com o uso do sistema.