Atualmente as distros tem no gerenciador de discos do própio instalador a opção de instalar lado a lado, e ao detectar um segundo disco livre para isso ela vai sugerir o uso dele para essa instalação… para usar seu segundo hd como /hoe vc teria que primeiramente ter um espaço livre no seu primeiro HD… No seu cenário vá no mais prático e seguro, use a instalação lado a lado com o windows.