Quando voltei a usar Ubuntu, com wayland, percebi que o Discord flatpak não abria, pesquisei e não encontrei nada, então acabei utilizando a versão .deb mesmo, e esta abria normalmente.
Porém como dou preferencia ao Flatpak, resolvi instalar novamente e tentar buscar a solução.
Instalando normalmente o Discord e tentando abrir ele, vemos que nada acontece, caso tente rodar pelo terminal com o comando
flatpak run com.discordapp.Discord
Vc tera um erro parecido com este:
Se verificarmos todo esse erro, temos um erro na Xlib, o que me fez pensar q erro era com o wayland, já q buscando um pouco vemos que o discord ainda não tem suporte nativo ao wayland.
Para resolver isto, precisamos fazer o discord funcionar no x11 dentro do wayland, e podemos fazer isto facilmente utilizando o Flatseal, um gerenciador de permissões de flatpaks, vc pode encontra na loja de aplicativos
ou instalar pelo comando:
flatpak install flathub com.github.tchx84.Flatseal
Com o programa instalado e aberto, podemos encontrar todos os programas instalados via flatpak, tome cuidado e não mude nada que vc não saiba ( mas caso altere sem querer, há um botão “Restaurar” no lado superior direito pra desfazer tudo).
Vamos procurar o discord e selecionar, você vera a seguinte tela:
E Para resolver o problema basta desativar o “Sistema de janelas Wayland”, ficando com
Deixe o resto como está, feche o flatseal e pronto, o discord abrirá normalmente 
(OBS: O compartilhamento de tela ainda não funciona, devido a falta de suporte ao Wayland, para “contornar” esse problema, vc pode abrir o discord pelo firefox para conseguir compartilhar a tela)