Não sei se é o teu caso, mas eu tive esse mesmo problema com o Audacity. No meu caso, além do Dark Theme do sistema também tive que ativar o tema escuro nas configurações do próprio Audacity.
Tenta checar se esses softwares tem um modo dark nas configurações deles próprios.
Acho que o @Dio e o @CanalOCaraDoTI2 usam Pop!_OS também, e o @umcarlinho certamente já testou o Pop 166384321 vezes. Talvez eles tenham uma ideia de como resolver isso. Vamos esperar que algum deles responda.
Esse software é em Qt por acaso? Pode ser esse o problema. Nesse caso você pode manipular o tema usando uma ferramenta como esta: Temas GTK em aplicações Qt - Diolinux
Pesquisei e identifiquei que o Logisim é um aplicativo Java. Fiz o download e execução do programa e verifiquei que ele não possui uma opção de configuração do tema (muitos programas Java possuem, permitindo usar um estilo genérico e rejeitar a imitação do tema do sistema, que é e sempre foi imperfeita).
O programa adere às opções na variável _JAVA_OPTIONS, o que permite um workaround: assumindo que você salvou o JAR em ~/bin, faça um script wrapper chamado logisim.sh (ou outro nome que lhe apetecer), marque-o como executável e coloque o seguinte conteúdo usando um editor de texto:
#!/bin/bash
#
# Declarar localização e nome do JAR
LOGISIMDIR=~/bin
LOGISIMJAR=logisim-generic-2.7.1.jar
#
# Declarar apenas a opção de antialising de texto para o Java
_JAVA_OPTIONS="-Dawt.useSystemAAFontSettings=on"
#
# Executar
cd ${LOGISIMDIR}
java -jar ${LOGISIMDIR}/${LOGISIMJAR}
Puxa… eu testei no openSUSE Leap, não tenho experiência com Ubuntu. Aqui no openSUSE, pelo menos usando FVWM, programas Java não costumam pegar o tema GTK automaticamente. Talvez valha a pena inspecionar as variáveis de ambiente aí no GNOME.
Eu acredito que você vai precisar abrir mão do tema escuro por enquanto ou, pelo menos, quando utilizar o programa.