Quando eu usava o Ubuntu, o seguinte procedimento funcionava:
Clica com o botão direito do mouse em cima do arquivo específico, então vão aparecer opções e uma delas é Abrir com outro aplicativo. Ao clicar nela, irá aparecer uma lista de aplicativos instalados e então você escolhe o R para abri o arquivo e reinicia o computador. Assim o Gnome no Ubuntu entende que ele vai ter de usar este programa R para abrir aquela extensão sempre. Mas isso pode mudar de Distro para Distro então faz este teste para ver se dá certo.
@rxtheodoro
Perdão a demora mas precisamos fazer uns procedimentos afim de poder mostrar os ícones nos documentos específicos.
1st - No terminal digita: grep 'r' /etc/mime.types
Provavelmente irão aparecer vários aplicativos com a inicial R. Como o nome do programa é R veja se tem uma linha chamada application/r r. Qualquer coisa mostra o print screen da resposta do terminal.
2nd - Senão tiver esta linha teremos de adiciona-la, mas se tiver esta linha pulamos este passo. No teminal digita: sudo nano /etc/mime.type e adiciona a linha application/r r salva com o control+o e saia com o control+x
3rd - Então faz o download de um ícone do R que você tem preferência, pode ser pelo próprio Google e salva com o nome application-r.svg . Procura por imagens .svg (elas tem suporte melhor a transparência) ou pode ser .png, se você baixar o .png oque estiver .svg você renomeia para .png. Mas vai no .svg que vai ser sucesso.
4th - Bom vamos copiar este ícone, que estará na pasta Downloads, para o local onde o mime.types irá pegar o ícone. No terminal digita: sudo cp home/seu usuario/Downloads/application-r.svg /usr/share/icons/gnome/scalable/mimetypes Não esquece de alterar o seu usuario com o nome que você usa.
5th - Great Scott reinicia o computador e o ícone que você selecionou deverá aparecer nos arquivos do R.
Sem problemas Mas eu esqueci como faz e não estou com o link salvo, irei pesquisar denovo. Mas analisando a pergunta, são 2 icones diferentes né, um para o .rproj e o outro para o .rdata. Isto que eu passei então está incompleto, acredito que vamos precisar configurar 2x para o R. Ou se for fazer um teste, talvez o .rproj e o .rdata que abrir com o R irão assumir os mesmos ícones. Irei fazer umas pesquisas aqui