Caso eu formate o Windows os arquivos do Linux serão apagados também?

Estou querendo formatar meu Windows mas estou com medo de apagar meus arquivos do Linux também ? Posso perder eles?

Depende, se o Linux em questão for o Endless OS ou instalado via andLinux ou similar, vai

Caso contrário desde que você tenha instalado em uma partição diferente não, mas é bem provável que você perca o grub

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Ao formatar o Windows, se no caso, você for reinstalar ele. Se você for só fazer alterações na partição aonde o Windows está e as pastas no usuario do seu Linux não estiverem linkadas com as do Win.

O que vai acontecer é que vc vai perder o boot de inicialização do GRUB.
Mas isso se recupera - o dualboot, seguindo esse tutorial:

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A não ser que você seja uma pessoa infinitamente calma, recomendo que faça isto com alguém do seu lado que já passou por isto.
São algumas variáveis possíveis de acordo com o cenário que resolver assumir na máquina. A tendência que chegue num stress que vai atrapalhar executar as soluções é grande.
Posso estar errado, mas montar partição pela live para recuperar GRUB é algo levemente tenso para iniciantes.