Olá 
Creio que a velocidade do armazenamento não seja o problema aqui, mas claro que a conexão M.2 é bem mais rápida, então, mesmo se comprar, ainda pode reutilizar o SSD Sata em outra máquina ou backup.
O colega desse post aqui também estava na dúvida entre APUs, e se você estiver disposto a pegar um Ryzen 5 4600G, talvez seja melhor panhar um Ryzen 5 5600G pois a diferença de preço é pequena, mas pode ser que o Ryzen 5 2400G tenha um melhor custo benefício. Enfim, só vendo o preço e fazendo comparativos.
Com certeza a Vega 7 dos 2 primeiros ou Vega 11 do último pode fazer uma boa diferença na parte gráfica se comparado ao setup atual, fora o maior poder de processamento da CPU.