Arquivo nao pode ser removido

Abra o terminal e tente digitar:

$ sudo rm -r /etc/apt/sources.list.d/atom

digita ls /etc/apt/sources.list.d/ e posta um print, ou a saída, aqui pra nós pfv

Você tá tentando apagar atom, mas tem um ponto no final: atom. - apenas atom sem o ponto ele tá dizendo que não exite.

não precisa apagar, é só renomear

@Ismael_Lameira copia e cola esse comando sudo mv /etc/apt/sources.list.d/atom. /etc/apt/sources.list.d/atom.list

Quero agradecer a ajuda de vocês. O problema foi resolvido, tive que apagar o diretório todo, depois dei um sudo apt update, que reinstalou todo o diretório sem oficheiro que estava sendo ignorado. Valeu mesmo gente!!!

O Linux Mint tem uma facilidade que vc pode gerenciar os repositórios da sua máquina pela interface gráfica:

Configurações de Sistema → Administração → Fontes de Aplicativos → Repositórios Adicionais

Ali você pode adicionar o repositório de terceiro de maneira fácil. Evita ter que gerenciar arquivos manualmente no /etc/apt/sources.list.d/ e também dá outras opções já para os ppa’s.