Pelas informações, eu descartaria praticamente todas as causas mais comuns:
- O problema com
xdg-desktop-portal;
- Não depende das variáveis
QT_QPA_PLATFORMTHEME nem QT_STYLE_OVERRIDE;
- Testou em outro gestor de arquivos;
- O Qt 5 está instalado corretamente.
O que mais me chamou atenção foi o strace.
Apesar de não aparecer nenhum erro explícito, as últimas linhas mostram várias chamadas como:
futex(...)
...
ETIMEDOUT
...
poll(...)
Isso normalmente indica que a aplicação ficou bloqueada esperando alguma sincronização entre threads (deadlock), e não que ela sofreu um crash propriamente dito.
Outro detalhe interessante é a mistura de versões dos componentes.
Você está no Ubuntu Budgie 22.04, porém vejo pacotes como:
libgtk-4-1 4.12.5
xdg-desktop-portal 1.18.4-1ubuntu2.24.04.2
Esses pacotes são bem mais recentes do que a base original do 22.04. Dependendo da forma como o sistema foi atualizado (ESM, PPAs ou backports), pode existir alguma regressão na integração entre Qt e GTK.
Antes de pensar em reinstalar ou atualizar para outra versão do Ubuntu, eu faria mais dois testes.
Primeiro, verificar se o problema acontece em um usuário novo:
sudo adduser testeqt
Depois faça login nesse usuário e execute o PCSX2 ou o Mega.
Se funcionar normalmente, provavelmente o problema está em alguma configuração do seu usuário (~/.config, temas, plugins etc.).
Caso continue travando até no usuário novo, eu faria um teste iniciando uma sessão GNOME padrão (ou até uma Live USB do Ubuntu 24.04/26.04) e executaria exatamente os mesmos programas.
Se eles funcionarem normalmente em outro ambiente gráfico, aí praticamente fica confirmado que o problema está na interação entre o Budgie 22.04 e algum componente do stack gráfico, e não nas aplicações em si.
Sobre atualizar para o Ubuntu 26.04, eu não faria isso apenas para tentar corrigir esse problema. Primeiro vale confirmar se ele realmente está relacionado ao ambiente atual. Caso seja uma regressão específica do Budgie 22.04, uma atualização pode resolver, mas também pode introduzir outras variáveis. Eu tentaria fechar esse diagnóstico antes.