Depois que migrei para o linux, minha maior dificuldade tem sido achar uma solução viável e eficiente para o OneNote. Atualmente, utilizo-o como caderno na faculdade (não tenho um caderno físico), então todas as minhas anotações são neles, conteúdos de aula, coloco os slides em PDF dentro dele e vou comentando por cima.
Existe alguma alternativa com suporte para Linux que se adeque nesse padrão (não gosto muito da versão online do OneNote).
Basicamente, eu queria as seguintes funções:
Divisão por matéria, caderno e páginas.
Possibilidade de colocar um arquivo PDF dentro da página e poder escrevendo sobre ele.
Sincronização com a nuvem.
Alternativa offline (o wifi da faculdade nem sempre é estável).
Ele faz tudo o que você quer. A única coisa é que ele não anota o PDF nativamente (ele cria um link para o PDF - que também fica no seu dropbox - e daí tu usa o leitor de PDF).
Sou fã demais do Joplin, pois ele foi um aplicativo fundamental para minha migração para o Linux (sincronia com Android, offline, markdown e PDF’s eram os meus requisitos).
Não sei se tem todas as funções que você quer, mas o Google Keep pode ser instalado através do Chrome, podendo também ser usado offline a partir disso.