A idéia do Qubes é bem engenhosa, trás para o desktop uma solução de virtualização “baremetal”(Xen), fazendo com que tudo seja executado ao mesmo tempo, na mesma área de trabalho, separado por cores para identificar os tipos de VMs, trabalho, casa, navegação anonima, etc…
Eles possuem “templates” certificados do Fedora, Debian, Whonix e é possível executar até o Windows, as conexões de redes, firewall, dispositivos USB são executados separados, é um ambiente completo de virtualização.
Em termos de segurança e privacidade é o ideal perfeito, você tem um único hardware utilizando aplicativos e recursos isolados e descartáveis se necessário.
É claro que você ainda pode infectar uma VM, mas isoladamente, além do que eles não podem garantir contra falhas do próprio XEN, a tecnologia usada na virtualização.
Outro ponto é que a instalação não é para qualquer hardware, existe uma exigência mínima quanto a tecnologia do processador, BIOS, placa gráfica.
Você precisa ponderar o equilíbrio entre segurança e disponibilidade de recursos, talvez você tenha problemas com jogos de alto desempenho, que exijam todos os recursos da placa gráfica, mas é um projeto ativo e que está sempre evoluindo.