sempre que tem algum app que precisa de permissão root, eu não consigo abrir seu arquivo .desktop pelo rofi, tem algum jeito de resolver isso?
Olá 
Qual interface está usando?
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Nunca tive esse problema. Se puder passe mais informações ou tente fazer um vídeo ou gif apresentando o problema.
Por padrão, o rofi, quando abre uma aplicação que precisa de root, ele invoca o polkit instalado no seu sistema. Por exemplo, se eu abrir o Gparted aqui pelo rofi, ele abre automaticamente abre uma janela de dialogo para eu digitar a minha senha de root.
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estou usando o bspwm
Então, eu até instalei o gparted aqui, mas quando eu abro ele pelo rofi, não aparece nenhuma caixa de diálogo, nada.
Eu acabei de dar uma olhada aqui, e meu úsuario não está no grupo polkitd, talvez isso esteja interferido , mas tenho um pouco de medo de mexer 
Não tem necessidade de fazer isso. Se tiver um outro ambiente gráfico instalado junto com o bspwm, com certeza tem um polkit instalado. O seu problema deve ser apenas que ele não está iniciando junto com o bspwm.
Posta o conteúdo do seu arquivo bspwmrc aqui. Esse arquivo fica em /home/seu-usuário/.config/bspwm/bspwmrc ou, se preferir, é só conferir dentro dele se tem algum polkit carregando. Aqui no meu bspwm, por exemplo, eu uso o do gnome, ai no meu bspwmrc tem o seguinte conteúdo:
/usr/lib/policykit-1-gnome/polkit-gnome-authentication-agent-1 &
Se puder informar como instalou o bspwm ajuda bastante. Foi com script? Tutorial?
Se você estiver usando o Arch, como diz no seu perfil, é só rodar um
sudo pacman -S polkit-gnome
Depois abra seu arquivo bspwmrc e adicione o conteúdo (é diferente do meu, mesmo sendo o gnome-polkit, porque aqui eu uso Debian. To te passando o conteúdo pensando no Arch):
/usr/lib/polkit-gnome/polkit-gnome-authentication-agent-1 &
Reinicie a sessão do bspwm e tudo deve estar resolvido.
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$ rofi -show drun -run-command 'pkexec {cmd}'
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Pelo que entendi da pergunta inicial, ele não está conseguindo lançar aplicações pelo rofi que necessitam de root, como uma loja de aplicativos, o próprio gparted etc.
Não tem necessidade de ele fazer isso não. Se tiver um polkit iniciando junto com a sessão do bspwm, os programas que precisam de permissão de root, funcionaram normalmente. Esse caso ai é só para lançar programas como sudo através do rofi (pelo menos é o que aprendi usando o rofi). Como abrir um thunar ou mousepad como sudo direto pelo rofi. Por padrão o rofi só faz isso usando esse comando que você citou.
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Eu fui ver meu bspwmrc e lá não tinha nada de polkit, coloquei o lxpolkit e já ta funcionando normal.
Uma dúvida rápida, tem um pacote que se chama só de polkit, só com ele já dá para abrir os programas como root, ou precisa de um policykit de interface msm?
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Em resumo o Polkit é usado para controlar privilégios em todo o sistema. Ele fornece uma maneira organizada para que processos não privilegiados se comuniquem com privilegiados. Com ele vem o chamado pkttyagent um agente de autenticação via linha de comando. Já no seu caso, a qual deseja elevar privilégios de aplicações em ambiente gráfico, você precisa de um agente de autenticação que é, basicamente aquela janela que se abre pedindo as credenciais do usuário. Para saber mais segue o link…
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Erro de interpretação… 
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